Între 1860 și 1861 a fost înscris la Ober-Gymnasium, liceu german din Cernăuți înființat în 1808, singura instituție de învățământ liceal la acea dată în Bucovina anexată de Imperiul habsburgic în 1775. Se impune în cursul anilor prin buna organizare administrativă și marea severitate în procesul de învățământ. Profesorii se recrutau, cu precădere, din Austria, întocmesc studii și colaborează la publicațiile vremii. Se înființează și o catedră de română, destul de târziu, după 1848. Este ocupată de Aron Pumnul. Frecventează cursurile la Ober-Gymnasium și frații săi, Șerban, Nicolae, Gheorghe și Ilie.
Termină clasa I cu rezultate bune la învățătură. Nu are notă la română pe primul semestru și este clasificat de Miron Călinescu, erudit în istoria bisericii ortodoxe române. Elevul Eminovici Mihai a promovat clasa I, fiind clasificat al 11-lea în primul semestru și al 23-lea în cel de-al doilea semestru. În clasa a II-a, pe care a repetat-o, l-a avut ca profesor pe Ion G. Sbiera, succesorul lui Aron Pumnul la catedră, culegător din creație populară și autor de studii de ținută academică. Aron Pumnul l-a calificat, în ambele semestre, cu note maxime la română. A obținut insuficient pe un semestru la Valentin Kermanner (la limba latină) și la Johann Haiduk, pe ambele semestre (la matematică).
Mai târziu a mărturisit că îndepărtarea sa de matematică se datora metodei rele de predare. În 16 aprilie 1863 a părăsit definitiv cursurile, deși avea o situație bună la învățătură. Avea note foarte bune la toate materiile. Ion G. Sbiera i-a dat la română calificativul vorzüglich (eminent). Plecând de vacanța Paștelui la Ipotești, nu s-a mai întors la școală.
În 1864 elevul Eminovici Mihai a solicitat Ministerul Învățământului din București o subvenție pentru continuarea studiilor sau un loc de bursier. A fost refuzat, „nefiind nici un loc vacant de bursier“. În 21 martie 1864, prin adresa nr. 9816 către gimnaziul din Botoșani, i s-a promis că va fi primit „negreșit la ocaziune de vacanță, după ce, însă, va îndeplini condițiunile concursului“. Elevul Eminovici a plecat la Cernăuți unde trupa de teatru Fanny Tardini-Vladicescu dădea reprezentații.
La 5 octombrie 1864, Eminovici a intrat ca practicant la Tribunalul din Botoșani, apoi, peste puțin timp, a fost copist la comitetul permanent județean.
La 5 martie 1865, Eminovici a demisionat, cu rugămintea ca salariul cuvenit pe luna februarie să fie înmânat fratelui său Șerban. În 11 martie tânărul M. Eminovici a solicitat pașaport pentru trecere în Bucovina.
În toamnă s-a aflat în gazdă la profesorul său, Aron Pumnul, ca îngrijitor al bibliotecii acestuia. Situația lui școlară era de „privatist“. Cunoștea însă biblioteca lui Pumnul până la ultimul tom.